Viên Thế Khải phong cho Tôn Dật Tiên chức Giám đốc hệ thống hỏa xa của Trung hoa, hy vọng cái chức vụ có số lương rất cao ấy sẽ làm hài lòng Tôn Dật Tiên. Nhưng Tôn Dật Tiên thực sự vui lòng với chức Giám dốc hỏa xa, và dự định sang Nhật vay thêm tiền để cải tiến hệ thống hỏa xa của Trung Hoa và không hỏi ý kiến Viên Thế Khải. Đó là mối bất hòa đầu tiên giữa Viên Thế Khải và Tôn Dật Tiên. Sau đó Tôn Dật Tiên quyết định làm một chuyến đi kinh lý bằng xe lửa khắp Trung Hoa, từ Mãn châu tới Quảng Đông. Tôn Dật Tiên phong cho Tống Giáo Nhân chức vụ Tổng Thủ Quỹ của ngành Hỏa xạ Lúc đó Tống Ái Linh là thư ký riêng của Tôn Dật Tiên. Trong chuyến đi kinh lý này, Tôn Dật Tiên đem theo cả Tống Ái Linh. Điều này chứng tỏ cho mọi người biết gia đình nhà họ Tống là người của Tôn Dật Tiên. Như vậy gia đình nhà họ Tống lâm vào tình trạng nguy hiểm, vì công khai liên kết với Tôn Dật Tiên, và Tôn Dật Tiên thì đang trở thành kẻ đối đầu của Viên Thế Khải.
Tôn Dật Tiên đã lấy vợ từ năm 19 tuổi và có ba người con, một trai và hai gái. Người con trai của Tôn Dật Tiên là Tôn Khoa, đã trưởng thành và đang du học tại Hoa Kỳ. Cuộc hôn nhân đầu tiên của Tôn Dật Tiên hoàn toàn do gia đình sắp đặt, như phần đông các cuộc hôn nhân khác tại Trung hoa. Hai người lấy nhau nhưng chưa bao giờ gặp mặt nhau trước khi cưới, và cũng không có quyền có ý kiến. Ba tháng sau khi lấy vợ, Tôn Dật Tiên trở lại Hương Cảng tiếp tục việc học, và rất ít khi về thăm vợ. Khi ông phải sống cuộc đời nguy hiểm của một người bị triều đình tầm nã, thì ông giao vợ con cho người anh ở Ha
ai trông nom. Cuộc hôn nhân đầu tiên của ông hoàn toàn không có tình yêu, mà chỉ vì bổn phận. Bà vợ Ông là một người vợ và người mẹ tận tụy, an phận theo một nếp sống cổ truyền đã tồn tại hàng ngàn năm tại Trung hoa.
Bây giờ người vợ của Tôn Dật Tiên già rồi. Trong thời gian làm việc chung với Tống Ái Linh, nhà đại cách mạng của Trung hoa đem lòng yêu cô gái đáng tuổi con ông và là con gái bạn thân của ông. Có thể Tôn Dật Tiên so sánh Ái Linh, một cô gái trẻ đẹp, tân tiến mạnh khoẻ với người vợ già và quê mùa cổ hủ của ông. Ông rất thích sự thông minh thực tế, tài ăn nói khéo léo và thân thể chắc nịch của Ái Linh. Một hôm đang ngồi nói chuyện với một người bạn, và Ái Linh có việc bước vào phòng trong, Tôn Dật Tiên ngoái nhìn theo đôi mông nẩy nở của Ái Linh và nói với người bạn:
"Tôi muốn kết hôn với Ái Linh."
Người bạn ngạc nhiên hỏi, "Bác sĩ đã có vợ rồi mà? "
Tôn Dật Tiên thản nhiên trả lời, "Tôi sẽ ly dị vợ tôi trước rồi xin cưới Ái Linh sau."
Người bạn phản đối, "Nhưng Ái Linh là con của Tống Giáo Nhân, một người bạn thân của Bác sĩ. Bác sĩ nên nhớ Tống Giáo Nhân có ơn lớn với Bác sĩ, và đã giúp đỡ Bác sĩ rất nhiều để Bác sĩ có được như ngày hôm naỵ Đối với Ái Linh và các người con khác của Tống Giáo Nhân, Bác sĩ vẫn được coi như một người chú. Họ có khác gì con của Bác sĩ đâu? "
Nhà đại cách mạng vẫn cương quyết, "Tuy vậy tôi vẫn muốn lấy Ái Linh."
Một buổi tối Tôn Dật Tiên đến thăm Tống Giáo Nhân và đề nghị xin cưới Ái Linh. Tống Giáo Nhân vô cùng kinh ngạc, mặt tái mét nhìn trừng trừng vào mặt Tôn Dật Tiên, một người bạn chí thân của ông trong suốt hai mươi năm vừa qua. Khi lấy lại được bình tĩnh, Tống Giáo Nhân buồn bã nói với Tôn Dật Tiên, "Tôn Dật Tiên, tôi là người Thiên chúa giáo. Từ trước tới nay, tôi vẫn tưởng ông cũng là một người Thiên chúa giáo như tôi. Tôi không bao giờ nuôi dưỡng con cái tôi một cách buông thả để chúng có thể chấp nhận một đề nghị quái gở như của ông. Chúng tôi là một gia đình Thiên chúa giáo, và mãi mãi sẽ như thế."
Tôn Dật Tiên rất ngỡ ngàng trước sự từ chối quyết liệt của Tống Giáo Nhân. Mặt ông bối rối và cực kỳ bẽn lẽn.Tống Giáo Nhân nói tiếp, "Tôn Dật Tiên. Xin mời ông về đi. Tôi muốn ông đừng bao giờ trở lại nhà tôi nữa."Tuy nhiên sau đó hai người vẫn tiếp tục cộng tác với nhau một thời gian nữa, tuy tình thân không còn được như trước. Tôn Dật Tiên và Tống Ái Linh không thể là một cặp vợ chồng tướng xứng hòa hợp với nhau được, không những vì sự cách biệt về tuổi tác, mà còn vì bản chất rất khác nhau nữa. Tôn Dật Tiên là một người lý tưởng, mơ mộng xa thực tế trong khi Tống Ái Linh là một người rất thực tế và rất say mê tiền bạc.
Đầu năm 1913, Viên Thế Khải có vẻ thắng thế trong âm mưu đoạt quyền lãnh đạo Trung Hoa, và muốn tái lập chế độ quân chủ để trở thành một hoàng đế. Trong cuộc bầu cử năm đó, Quốc dân đảng thắng lớn, nhưng Viên Thế Khải đâu có dễ dàng chịu thua như vậy. Từ Cấm Thành tại Bắc Kinh, Viên Thế Khải phái những tay thích khách đi khắp nơi ám sát các lãnh tụ Quốc dân đảng. Nạn nhân đầu tiên là Cung Châu Gia, một chính trị gia trẻ tuổi, có tài tổ chức, và tạo được một hậu thuẫn mạnh mẽ tại nông thôn. Danh tiếng Cung Châu Gia ngày một gia tăng, và có thể là một đe dọa cho Viên Thế Khải.
Ngày 20- 3- 1913, trong lúc Cung Châu Gia đi xe lửa tại Thượng Hải, một thích khách nhắm vào bụng ông bắn hai phát súng. Hai phát đạn này có mục đích tạo sự đau đớn vô cùng trong lúc nạn nhân hấp hối. Cung Châu Gia lăn lộn đau đớn trong hai ngày mới chết được.
Sau đó là hàng loạt các vụ ám sát khác, phần lớn là đầu độc vì người Trung hoa hay ăn tiệc. Ngày 11- 7- 1913, tổng đốc Quảng Tây được sự khuyến khích của Tôn Dật Tiên nên tuyên bố ly khai với Bắc Kinh, và trở thành một tỉnh độc lập. Tôn Dật Tiên cũng công khai lên án âm mưu muốn làm hoàng đế của Viên Thế Khải. Lập tức Viên Thế Khải cách chức Giám đốc Hỏa xa của Tôn Dật Tiên và ra lệnh tróc nã. Tôn Dật Tiên phải vội vã trốn sang Đông Kinh.
Viên Thế Khải ra tuyên cáo Quốc dân đảng chỉ là một tổ chức nổi loạn và ra lệnh giải tán Quốc dân đảng. Sau đó họ Viên bổ nhiệm một Hội đồng Chính trị để làm cố vấn cho Viên, và thành lập một Hội Đồng Hiến Pháp với thành phần là những đại biểu được dân bầu lên. Họ Viên cố chứng minh những lợi điểm của một nền quân chủ so với chính thể cộng hòa. Một số ít người cũng đồng ý với họ Viên. Tại Nhật Bản, phe cách mạng nhìn thấy Viên Thế Khải đang phá hoại công trình của họ đã tạo được sau bao nhiêu năm cố gắng, và cảm thấy rằng họ sẽ phải bắt đầu lại từ đầu.
Khi Tôn Dật Tiên trốn sang Nhật thì Tống Giáo Nhân cũng lâm vào tình cảnh nguy hiểm, vì mọi người biết rõ Tống Giáo Nhân là đồng chí của Tôn Dật Tiên, và đã hoạt động sát cánh với Tôn Dật Tiên. Nếu Tống Giáo Nhân tiếp tục ở lại Thượng Hải thì chắc chắn sẽ không tránh thoát được bàn tay của những thích khách do Viên Thế Khải phái tới. Tống Giáo Nhân đành phải quyết định đem cả gia đình trốn sang Nhật, gồm có Ái Linh, Khánh Linh và hai cậu con trai nhỏ. Lúc đó Tống Tử Văn và Tống Mỹ Linh vẫn còn du học tại Hoa Kỳ.
Khi tới Nhật Bản, gia đình Tống Giáo Nhân được Quốc dân đảng tại Nhật đón tiếp nồng hậu. Tống Ái Linh vẫn trở lại công việc làm thư ký cho Tôn Dật Tiên như trước. Tôn Dật Tiên cũng đem theo cả vợ con sang lánh nạn tại Nhật. Vì bổn phận của một lãnh tụ cách mạng, Tôn Dật Tiên đã phải sống xa gia đình gần như suốt cả cuộc đời, vì thế hai vợ chồng bây giờ có vẻ xa cách nhau. Sự ràng buộc giữa Tôn Dật Tiên và vợ con dường như rất lỏng lẻo. Nhưng tại Nhật Bản, vợ của Tôn Dật Tiên tìm thấy sự an ủi ở một tình bạn thân cận với bà Tống Giáo Nhân. Hai bà trở thành hai người bạn thân thiết với nhau, và cùng nhau đi thăm nhiều thắng cảnh tại Nhật Bản.
